Työantajan on säilytettävä terveystietoja sisältävät dokumentit erillään muista henkilötiedoista. Terveystilaa koskevia asioita ei saa myöskään tallentaa muiden henkilörekistereiden, kuten palkkahallinnon rekistereiden yhteyteen. Palkkajärjestelmään saa kirjata sairausloma-ajankohdan ilman diagnoositietoa. Kaikki dokumentit on hävitettävä välittömästi sen jälkeen, kun niitä ei tarvita, ja säilyttämisen tarve on tarkastettava vähintään viiden vuoden välein.
Työpaikalla voidaan miettiä myös sairauspoissaolojen omailmoituskäytäntöä, joka osaltaan vähentää terveystietoja sisältävien dokumenttien käsittelyä, sekä vähentää turhia lääkärissä käyntejä ja säästää aikaa, vaivaa ja rahaa.
Työnantaja ei saa koota sairaustiedoista rekisteriä. Ainoastaan terveydenhuollon toimija saa ylläpitää rekisteriä terveystiedoista. Myöskään työterveyshuolto ei saa luovuttaa terveystietoja ilman työntekijän suostumusta tai laissa erikseen säädetyssä tilanteessa, jossa tieto saadaan luovuttaa.
Mikäli työnantaja edellyttää työhöntulotarkistusta, niin myöskään siihen ei saa lisätä merkintöjä työntekijän terveydestä. Terveyshuolto ottaa kantaa vain siihen, onko työntekijä tehtävään soveltuva tai onko soveltuvuudelle jotain rajoituksia.
Työpaikalla työantajan velvollisuudet terveystietojen keräämisessä ovat seuraavat:
- Työnantajan tulee nimetä henkilöt, jotka saavat käsitellä työntekijöiden terveystietoja tai
- määriteltävä tehtävät, joihin sisältyy työntekijän terveystietojen käsittelyä
Tietoja saavat käsitellä vain henkilöt, jotka näiden tietojen perusteella valmistelevat tai tekevät työsuhdetta koskevia päätöksiä. Terveydentilatietoja käsittelevien henkilöiden määrän tulee olla mahdollisimman rajattu. Näitä henkilöitä ovat esimerkiksi esihenkilöt, henkilöstöhallinnon työntekijät ja palkanlaskijat. Terveystietoja käsittelevillä työntekijöillä on vaitiolovelvollisuus, eivätkä he saa paljastaa terveystietoja sivullisille työsuhteen aikana tai sen päättymisen jälkeen.